根据上述职责，市教育局内设 １４个职能科室：
（一）办公室
综合协调局机关政务、事务工作；负责文电、会务、机要、档案信息、保密、信访、新闻宣传等工作；承担局机关保卫、后勤及其他社会性事务；组织拟订教育发展规划及实施办法。
（二）计划财务科
管理市（本级）教育经费；检查县区教育经费拨款情况；负责本市教育经费的统计、分析；负责指导、检查全市教育收费管理；指导学校的基本建设；指导协调学校教育技术装备的配置；指导学校勤工俭学和校办产业工作；负责直属学校国有资产处置、直属社会力量办学校和教育机构收费项目、标准、直属学校申办产权登记、直属学校非经营性资产转经营性资产、校办企业国有资产产权登记、变更、注销的审核工作；负责市直学校财务检查工作；负责全市教育系统基建年报、学年初报和财务年报统计工作。。
（三）基础教育科
综合管理中小学和学前教育工作；指导、推动九年义务教育的实施；指导管理中小学、幼儿园和特殊教育和学制、教学计划等行政管理工作；指导社会力量办基础教育学校及教育机构工作。
   （四）督导室（挂市人民政府教育督导室牌子）
督导室下设督导科，具体负责督导业务。督导检查各级各类学校贯彻执行教育法律、法规和方针、政策的情况；对各县区人民政府及有关职能部门履行教育职责的情况进行督导检查，对全市"两基"巩固提高工作进行督导检查；对学校教育工作进行督导检查；保障素质教育的实施和教育目标的实现。承担教育行政复议工作，指导教育系统的法制建设工作。
（五）德育科
指导全市中小学的德育工作；督促德育基础设施建设，指导全市青少年校外活动场所建设及校外教育工作；负责全市各级各类学校学生思想政治工作；规划并指导全市各级各类学校思想政治工作队伍建设和校园文化建设、精神文明建设、文明学校建设；指导各级各类学校开展团队工作；承担省、市三好生、优秀学生干部、先进班集体的评审、报批工作；指导各级各类学校开展国防教育、法制教育、禁毒教育和反邪教教育工作；督促检查《未成年人保护法》执行情况，协调处理相关事件；负责市关工委日常事务及相关联络工作。
（六）职业与成人教育科
统筹、管理高等、中等职业技术教育和高等、中等成人学历教育、成人文化技术教育和社区教育；组织相关的教育质量和办学水平评估；指导学校的专业实验室和实习基地建设、图书和教学仪器配备及校办产业的发展；指导协调成人非学历教育培训；指导社会力量举办职业学历教育和社会文化教育工作。
（七）人事科
负责局机关和教育系统人事管理工作；负责局机关和指导直属单位党务、工会、妇女、计划生育、思想政治工作；指导学校内部人事与分配体制改革工作，负责局机关和指导学校人事、工资管理等工作；负责学校师资队伍建设、教师资格认定和贯彻《教师资格条例》有关工作；组织并指导学校教师专业技术资格评审工作。
（八）体育卫生与艺术教育科　　管理学校体育卫生健康教育教学工作，制订和实施学校体卫工作规划；指导学校的体育、卫生与健康教育、艺术教育工作；指导中小学校及学生开展体育竞赛和艺术教育等交流活动和学生军训等工作；指导学校体育、卫生、艺术教育的基础设施建设工作。
（九）纪检监察办公室　　落实党风廉政建设和反腐败工作；调查处理管辖范围内监察对象违反党纪政纪的案件，受理控告及申诉，对违纪违法行为进行核实和处理；完成市纪委（市监察局）交办的工作；局机关及直属单位的审计及监察工作；处理教育系统内部违法违纪案件；承担政务公开及行政监察工作。
（十）安全应急办公室　　指导学校安全保卫、政治保卫、综合治理和维护稳定工作；承担教育系统突发公共事件的应急管理工作；指导学校开展不稳定因素排查工作；协调学校重大安全与稳定事件处置及有关专项整治工作；指导学校开展安全教育工作；承担教育系统反邪教防范控制、宣传教育和教育转化等工作。
（十一）招生考试办公室（挂市招生委员会办公室牌子）
宣传、落实省招生委员会及其办公室制订的各项招生制度改革方案及其实施细则；协调有关部门组织全市普通高考、成人招生考试、毕业会考、升中考试和自学考试，负责考务工作；调查和处理招生考试和录取工作中各种违纪案件，参与省招生委员会组织的考生录取工作。
（十二）教研院
根据国家课程方案要求，结合本地区实际，提出各个教育阶段课程实施的具体方案，编制教学计划，开发地方课程和学校课程，并参与管理．提出本地区教学用书的指导意见，指导学校开发和利用当地的教材资源；根据规定和需要组织编写乡土教材、教改编导资料等。提供教育教学信息资源。组织和指导课程的实施，优化教学过程，按照素质教育的要求，制定教学规范，指导教师树立正确的教育观念，遵循学生身心发展规律，把握课程标准重视学生创新精神和实践能力的培养，丰富教学策略，掌握现代教育技术，创造性的开展教学活动，促进学生全面发展。组织对学校的教学检查，加强对教学过程的质量监控，通过分析、研究，提出改进教学的意见和建议，并及时反馈，促进学校和教师改善教学过程，提高教学质量和效益。开展形式多样的教研活动，组织课程教材教法改革的实验，总结、推广先进的教学经验，评选优秀的教学成果。指导学校贯彻落实教学工作法规，建立健全有关规章制度。拟订语言文字工作规划和实施方法；指导推广普通话工作，管理普通话培训测试工作；指导检查学校和社会文字规范工作。为教育局提供决策咨询服务；为学校教师提供咨询服务。
（十三）教育装备办公室
负责规划、协调、配备、管理、指导、咨询学校现代教育装备和实验室，各类功能室、图书馆的建设、使用工作。拟定各级各类学校计算机的配备和电化教育硬件的装备方案；组织教学软件的开发、编制、审定、推广工作。负责拟定中小学实验教师及管理人员的配备标准，组织业务培训。制订中小学学具的供配标准。组织教学仪器的订购、供应、管理，指导开展自制教具和实验科研活动。负责组织开展实施教学、实验室建设与管理的业务指导和工作检查，做好基本情况的统计工作。
（十四）勤工俭学办公室
贯彻落实国家和省有关校办产业的政策，制定全市勤工俭学工作规划并且组织实施。督促、检查、评估校办产业。规划和指导劳动实践基地建设。

（十五）师资培训中心

统筹、规划、指导学校师资队伍建设；承担各级各类学校教师培训的统筹协调工作；组织并指导教师继续教育工作和教育行政管理干部培训工作；负责县（区）教师进修学校的管理指导工作。